Prueba piloto de 100.000 genomas para el diagnóstico de enfermedades raras en la atención médica – Informe preliminar

Prueba piloto de 100.000 genomas para el diagnóstico de enfermedades raras en la atención médica – Informe preliminar

Nuestro estudio piloto de secuenciación del genoma en un sistema nacional de salud muestra un aumento en el rendimiento diagnóstico en una variedad de enfermedades raras.

 

N Engl J Med, 1/11/2021100,000 Genomes Pilot on Rare-Disease Diagnosis in Health Care — Preliminary Report”.

ANTECEDENTES: El Proyecto de 100.000 Genomas del Reino Unido está en el proceso de investigar el papel de la secuenciación del genoma en pacientes con enfermedades raras no diagnosticadas después de la atención habitual y la alineación de esta investigación con la implementación de la atención médica en el Servicio Nacional de Salud del Reino Unido. Otras partes de este proyecto se centran en pacientes con cáncer e infecciones.

MÉTODOS: Realizamos un estudio piloto en el que participaron 4.660 participantes de 2.183 familias, entre las que se encontraban 161 trastornos que cubrían un amplio espectro de enfermedades raras. Recopilamos datos sobre características clínicas con el uso de términos de ontología de fenotipo humano, llevamos a cabo la secuenciación del genoma, aplicamos la priorización de variantes automatizada en base a fenotipos y paneles de genes virtuales aplicados, e identificamos nuevas variantes patogénicas mediante análisis de investigación.

RESULTADOS: Los rendimientos de diagnóstico variaron entre las estructuras familiares y fueron más altos en los tríos familiares (ambos padres y un probando) y familias con mayor pedigrí. Los rendimientos diagnósticos fueron mucho más altos para los trastornos que probablemente tengan una causa monogénica (35%) que para los trastornos que probablemente tengan una causa compleja (11%). Los rendimientos diagnósticos de discapacidad intelectual, trastornos de la audición y trastornos de la visión oscilaron entre el 40 y el 55%. Hicimos diagnósticos genéticos en el 25% de los probandos. El 14% de los diagnósticos se realizaron mediante la combinación de investigación y enfoques automatizados, lo cual fue crítico para los casos en los que encontramos variantes etiológicas no codificantes, estructurales y del genoma mitocondrial y variantes codificantes mal cubiertas por la secuenciación del exoma. Las pruebas de carga de cohortes en 57.000 genomas permitieron el descubrimiento de tres nuevos genes de enfermedades y 19 nuevas asociaciones. De los diagnósticos genéticos que hicimos, el 25% tuvo ramificaciones inmediatas para la toma de decisiones clínicas para los pacientes o sus familiares.

CONCLUSIONES: Nuestro estudio piloto de secuenciación del genoma en un sistema nacional de salud muestra un aumento en el rendimiento diagnóstico en una variedad de enfermedades raras. (Financiado por el National Institute for Health Research y otros).