Características genómicas y efecto clínico del nuevo linaje SARS-CoV-2 B.1.1.7 en Reino Unido

Características genómicas y efecto clínico del nuevo linaje SARS-CoV-2 B.1.1.7 en Reino Unido

Gravedad de la enfermedad en todos los grupos de edad de los pacientes y por la presencia de VOC o no VOC de infección por SARS-CoV-2 La figura muestra los recuentos absolutos (A) y la proporción de pacientes (B). La enfermedad no grave se definió como alcanzar una escala ordinal de la OMS de menos de 6 el día 14 después de la aparición de los síntomas. La enfermedad grave se definió como alcanzar un punto de escala ordinal de 6 o más. La muerte se definió como aquellos que habían fallecido el día 28 después del primer frotis positivo. VOC = variante de interés.

Existe evidencia de una mayor transmisibilidad de la variante SARS-CoV-2 B.1.1.7, y encontramos una mayor carga de virus por proxy para B.1.1.7. No identificamos una asociación de la variante con una mayor gravedad en esta cohorte hospitalizada.

 

The Lancet Infectious Diseases, 12/04/2021Genomic characteristics and clinical effect of the emergent SARS-CoV-2 B.1.1.7 lineage in London, UK: a whole-genome sequencing and hospital-based cohort study”.

Fondo: La aparición de variantes con mutaciones específicas en epítopos clave en la proteína de pico del SARS-CoV-2 plantea preocupaciones relacionadas con las campañas de vacunación masiva y el uso de anticuerpos monoclonales. Nuestro objetivo fue describir la aparición de la variante preocupante B.1.1.7 (VOC), incluidas las características virológicas y la gravedad clínica en pacientes actuales con y sin la variante.

Métodos: En este estudio de cohorte, se secuenciaron y analizaron muestras positivas para SARS-CoV-2 en la PCR que se obtuvieron a partir del 9 de noviembre de 2020, para pacientes ingresados de forma aguda en uno de los dos hospitales el 20 de diciembre de 2020 o antes, en Londres, Reino Unido, para la presencia de mutaciones definitorias de COV. Ajustamos los modelos de regresión de Poisson para investigar la asociación entre la infección B.1.1.7 y la enfermedad grave (definida como punto 6 o superior en la escala ordinal de la OMS dentro de los 14 días de síntomas o prueba positiva) y la muerte dentro de los 28 días de una prueba positiva y se realizó análisis genómicos complementarios en una cohorte de pacientes con excreción crónica y en una cohorte de pacientes tratados con remdesivir. La carga viral se comparó por proxy, utilizando valores de umbral de ciclo de PCR y profundidades de lectura de secuenciación.

Resultados: De 496 pacientes con muestras positivas para SARS-CoV-2 en la PCR y que cumplieron con los criterios de inclusión, 341 tenían muestras que podían secuenciarse. 198 (58%) de 341 tenían infección B.1.1.7 y 143 (42%) tenían infección no B.1.1.7. No encontramos evidencia de una asociación entre enfermedad grave y muerte y linaje (B.1.1.7 vs no B.1.1.7) en análisis no ajustados (razón de prevalencia [PR] 0,97 [IC 95% 0,72–1,31]), o en análisis ajustados por hospital, sexo, edad, comorbilidades y etnia (RP ajustado 1,02 [0,76–1,38]). No detectamos mutaciones definitorias de COV B.1.1.7 en 123 pacientes inmunodeprimidos con diseminación crónica o en 32 pacientes tratados con remdesivir. La carga viral por proxy fue mayor en las muestras B.1.1.7 que en las muestras no B.1.1.7, medida por el valor umbral del ciclo (media 28,8 [DE 4,7] vs 32,0 [4,8] ; p = 0,0085) y profundidad de lectura genómica (1280 [1004] vs 831 [682]; p = 0,0011).

Interpretación: Existe evidencia emergente de una mayor transmisibilidad de B.1.1.7, y encontramos una mayor carga de virus por proxy para B.1.1.7 en nuestros datos. No identificamos una asociación de la variante con enfermedad grave en esta cohorte hospitalizada.

Fondos: University College London Hospitals NHS Trust, University College London/University College London Hospitals NIHR Biomedical Research Centre, Engineering and Physical Sciences Research Council.